Rootkits主要分为两大类：一种是进程注入式Rootkits，另一种是驱动级Rootkits。
第一种Rootkits技术通常通过释放动态链接库（DLL）文件，并将它们注入到其它软件及系统进程中运行，通过HOOK方式对消息进行拦截，阻止Windows及应用程序对被保护的文件进行访问。
第二种Rootkits技术较为复杂，其通过在Windows启动时加载Rootkits驱动程序，获取对Windows的控制权。当程序（Windows及杀毒软件等）通过系统API及NTAPI访问文件系统时进行监视，一但发现程序访问被Rootkits保护的文件时返回一个虚假的结果，从而达到隐藏或锁定文件的目的。
进程注入式Rootkits较好处理，通过使用杀毒软件的开机扫描（又名Startup Scan、 BootScan）功能都可以轻松清除。然而，对于第二种通过驱动级的Rootkits，由于其加载的优先级别较高，现阶段还没有一个较好的解决办法。大多数杀毒软件在处理使用此类Rootkits技术的病毒时均出现漏查漏杀，清除失败的现象。